Se você estiver usando o Windows Explorer na área de trabalho A para transferir arquivos do servidor B para o servidor C, então sim, os arquivos estão viajando de B para A para C.
A maneira mais fácil de contornar este método é usar uma Conexão de Área de Trabalho Remota para o servidor B e depois copiar para o Servidor C.
Existem outros métodos alternativos, como o uso de telnet, ssh, scripts e programas de terceiros que permitem que você ignore o intermediário.