Você pode usar o comando 'wincmd' para mover para janelas diferentes como se estivesse pressionando CTRL + W.
vim file4 -c 'split file2' -c 'vsplit file1' -c 'wincmd j' -c 'vsplit file3'
Isso organizará os arquivos como:
file1 file2
file3 file4
Como funciona: abre o arquivo4. Divide horizontalmente para que o arquivo2 esteja acima dele. Divide verticalmente, portanto file1 está à esquerda, move para a próxima janela (file1) e divide verticalmente novamente.