Primeiro, adicione a linha Option "ClickPad" "true"
ao arquivo /usr/share/X11/xorg.conf.d/70-synaptics.conf
para que a saída final se pareça com:
Section "InputClass"
Identifier "touchpad catchall"
Driver "synaptics"
MatchIsTouchpad "on"
MatchDevicePath "/dev/input/event*"
Option "ClickPad" "true"
EndSection
Em seguida, reinicie o sistema. Clique com o botão direito deve funcionar bem agora.
Adaptado de este relatório de erros da Red Hat , como sugerido por Oi-Anjo .