Existem muito mais propriedades para rsync do que as menções de respostas anteriores. Você deve olhar para eles:
man rsync
Mas, para o seu problema, eu sugiro:
rsync -a --delete X Y
Desta forma, o receptor (Y) irá deletar qualquer arquivo que não esteja no X. Certifique-se de fazer isso certo embora. Usado incorretamente como root pode facilmente matar seu sistema ...:)