Resposta
update-alternatives só funciona se um pacote usar explicitamente o sistema de alternativas. gnupg e gnupg2 não.
Antecedentes
Geralmente, o motivo é que a interface do usuário é muito diferente, de modo que os scripts que usam a única ferramenta não funcionem mais, se de repente as outras ferramentas forem executadas. Um exemplo típico aqui é markdown . Cada implementação de markdown no Debian tem opções de linha de comando bem diferentes, portanto o sistema de alternativas não está em uso lá.
gpg e gpg2 não parecem diferir muito, mas talvez a saída em certas ações ou códigos de saída diferem significativamente em alguns lugares.
Uma coisa em que eles diferem e que é importante para instalações mínimas e mídia de instalação, são suas dependências. Embora o pacote gnupg seja de prioridade "padrão" (ou seja, instalado em uma instalação padrão) e uma dependência do pacote apt , o pacote gnupg2 extrai algumas outras bibliotecas que atualmente são apenas prioritárias "opcionais" .
Existem dois relatórios de bugs abertos no Debian, um contra cada pacote ( # 561540 contra o gnupg e # 483724 contra gnupg2 ), solicitando o uso do sistema de alternativas para gnupg e gnupg2 .
Atualmente, um desses relatórios de bugs é marcado com wontfix , mas a tag é "por enquanto" e há algumas dicas sobre o que precisa ser cuidado caso o sistema de alternativas seja usado (ou gnupg2 se tornará o padrão) no futuro.
Como, no caso de você realmente querer
Se você realmente quiser que gpg2 seja chamado se você chamar gpg , recomendo adicionar um alias de acordo no seu shell, por exemplo, com alias gpg=gpg2 para shells compatíveis com bourne-shell. Não deve fazer muito mal, mas só funcionará se for chamado a partir da linha de comando.
Se você realmente deseja que /usr/bin/gpg seja gnupg2, pode fazer isso com dpkg-divert , por exemplo, renomeie gpg para gpg1 e, em seguida, gpg2 para gpg . Os arquivos renomeados com dpkg-divert manterão seu novo nome mesmo após as atualizações dos pacotes correspondentes.
Mas esteja avisado: o APT exige e usa gpg e pode não esperar que ele seja gpg2 . Então você pode quebrar partes do seu sistema se você usar dpkg-divert dessa maneira. (Aliases de shell para usuários não-root são bons com relação a isso.)