O rsync provavelmente seria uma opção melhor aqui. É tão simples quanto o rsync -a subdir / ./. verifique esta resposta de unix.stackexchage para melhores soluções
use -f
com o comando cp
cp -fR /source/files /dest
suprimir cp para substituir "prompt ..
Para substituir o alias do cp, você pode simplesmente colocá-lo entre aspas:
'cp' -rf ./source/* /destination/
para mais informações, siga estes links: