Você está certo, há apenas duas coisas para fazer:
- Exclua a pasta
pycharm-community-3.4.X
(arquivos de instalação) que você extraiu do .tar.gz - Exclua a pasta
~/.PyCharm30
(arquivos de configuração)
Você pode ver aqui que o PyCharm não coloca mais arquivos do que isso no seu sistema.