Você pode configurar o apt via arquivos apt.conf.
Aqui está um comando que eu uso no meu servidor (como root):
cat > /etc/apt/apt.conf.d/01norecommend << EOF
APT::Install-Recommends "0";
APT::Install-Suggests "0";
EOF
Para ver se o apt lê isto, insira isto na linha de comando (como root ou usuário regular):
apt-config dump | grep Recommends