Exceto que os arquivos de lixeira ~/.local/share/Trash
para outros sistemas de arquivos podem ser armazenados em diretórios <mount-point>/.Trash-$(id -u)
.
Se você está rodando o Ubuntu há um pacote auxiliar para limpar todos os locais
sudo aptitude install trash-cli
Para limpar a lixeira em todos os locais, basta executar:
empty-trash
Ele deve funcionar com qualquer ambiente de desktop linux compatível com Especificação de Lixo do FreeDesktop.org . Em versões mais recentes, o comando pode ser:
trash-empty