Como sempre ou pelo menos com muita frequência - não há melhor maneira geral.
O que eu posso oferecer é uma lista pequena e não completa
- Caixas do Gnome
- Virtualbox
- Estação de trabalho do VMware
Gnome Boxes e Virtualbox devem ser instaláveis via apt, enquanto o produto VMware não é.
Estou usando o VMware (versão 11 mais antiga) no Ubuntu 16.04 - mas foi uma bagunça fazer com que ele funcionasse no Xenial.