Supondo que há muitos espaços em branco, como no texto normal, você pode dividir o arquivo por palavras e compará-lo com uma ferramenta de comparação normal, por exemplo, meld:
tr -s ' ' '\n' < file1.txt > file1.txt.split
tr -s ' ' '\n' < file2.txt > file2.txt.split
meld file1.txt.split file2.txt.split