Desde o Windows 10 versão 1803, fechar todas as janelas do terminal WSL não matará os processos em segundo plano por padrão, a menos que o arquivo /var/run/reboot-required
esteja presente. Este arquivo será criado automaticamente pelo apt no Ubuntu quando uma atualização requer uma reinicialização, mas se você quiser reinicializar manualmente o subsistema, você mesmo pode criar o arquivo:
sudo touch /var/run/reboot-required
Eu não testei isso em outras distribuições disponíveis na Microsoft Store. Uma solução alternativa é matar todos os processos:
sudo killall -r '.*'