Esse recurso é chamado de desduplicação . Nenhum dos sistemas de arquivos populares do Linux (ext *) oferece suporte, mas aparentemente, o ZFS o suporta parcialmente . Há também uma listagem de tabela de sistemas de arquivos , entre outros, a desduplicação, mas parece que não há nenhuma escolhas - é um recurso planejado para o Btrfs.
Eu acho que verificar periodicamente seu sistema de arquivos e criar hard links apropriados é o melhor que você pode fazer no momento, embora isso não implique copy-on-write.