cp -rs source/ dest/ deve fazer o truque. A estrutura do diretório será recriada no destino / com cada arquivo sendo um link simbólico para sua contraparte na origem.
Estou procurando um comando que recriar uma árvore inteira de arquivos em um diretório diferente. Eu preferiria ter todos os links simbólicos absolutos. Posso fazer isso com um find e xargs? ; -)
No caso de cp -rs não ser a resposta que você está procurando, lndir pode ser a resposta correta.