Acredito que o plug-in que está causando essa mudança de cor de fundo é "Location Navigate". Verifique e veja se isso está instalado. Em caso afirmativo, clique em Plug-ins - > Localização Navegar - > Mostrar lista e opção. Haverá então uma caixa suspensa na parte inferior das janelas que diz "Marcar com destaque". Você pode, então, optar por alterar isso para o que for adequado às suas necessidades. Eu pessoalmente prefiro marcar com Rect. Em seguida, marcar as linhas alteradas com uma barra recta em uma margem à esquerda.
Como alternativa, acima da opção Dropbox, há duas opções "Mark Color" & "Salvar cor". Você poderia deixar a opção Mark with Highlight e apenas mudar a cor do destaque ...
Tenho 95% de certeza de que isso solucionará seu problema.