Proteger por senha a pasta não fará muita coisa se eles puderem fazer login como administrador e reivindicar a propriedade do próprio diretório.
Sugiro instalar o TrueCrypt e usá-lo para criar um volume criptografado baseado em arquivo. Em seguida, coloque o diretório do DropBox dentro dele, e apenas pessoas que conhecem a senha de descriptografia podem acessá-lo.
Note que eles podem facilmente instalar um keylogger no seu PC para aprender sua senha de descriptografia sem o seu conhecimento.
Além disso, o aviso de isenção obrigatório: verifique seu departamento de TI e não faça nada contrário à política de TI estabelecida. Muitas vezes, as organizações desaprovam o uso pessoal da propriedade de trabalho (seu PC) e os recursos (a largura de banda usada para fazer o download de / upload para o DropBox), portanto, certifique-se de não violar regras que possam causar problemas.