Infelizmente, a vida é difícil e essa é uma daquelas coisas que incomoda as pessoas sem parar.
Pelo menos você é inteligente e entende que há uma conversão que precisa ser feita.
O espaço "extra" é geralmente usado pela tabela de alocação, meta-dados e vários outros itens que apenas fazem funcionar sem que você precise pensar nisso ... não é nada para se preocupar.
Se você quiser ter 100% de certeza de ter a unidade correta, entre no gerenciador de dispositivos e expanda os discos rígidos, encontre o número do modelo e o Google. Se relatar a unidade correta (o que deve), não deve haver nada com que se preocupar.