Eu não sei sobre uma opção de linha de comando específica, mas você pode usar os seguintes comandos para alcançar seu objetivo:
ln -s mydir projx
zip -r myzipfile.zip projx
rm projx
O primeiro comando cria um link simbólico, para que você possa acessar os arquivos em mydir também via projx . Então, usando Info-ZIP (testado com a versão 2.31), o link simbólico é desreferenciado (este é o padrão, a menos que você especifique -y ) e os arquivos são armazenados recursivamente:
adding: projx/ (stored 0%)
adding: projx/foo.1 (deflated 23%)
adding: projx/bar.2 (deflated 73%)
...
O nome da pasta também está armazenado no arquivo - assim, após a extração, o diretório projx é criado.
No entanto, não consigo pensar em uma possibilidade de armazenar caminhos absolutos, mas essa é uma má ideia de qualquer maneira.