Você pode copiar os itens prefs.js
relevantes manualmente.
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mail.account.*
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mail.accountmanager.*
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mail.identity.*
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mail.server.*
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mail.smtpserver.*
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mail.smtpservers
Por exemplo:
egrep 'user_pref\("mail\.(account(manager)?|identity|(smtp)?servers?)[."]' \
< old-profile/prefs.js >> new-profile/prefs.js
O arquivo está localizado em seu diretório de perfil do Thunderbird, usa o mesmo formato em todas as plataformas, e até mesmo em todos os Thunderbirds versões (não mudou muito dos dias do Netscape Navigator, eu acredito).