Também recebo muito isso, mas temo que esteja funcionando "como pretendido".
Closing the last tab in a window also automatically closes the window.
O comentário na pergunta me fez tentar algo:
Se você tiver várias janelas do Chrome abertas e acidentalmente matar uma delas com o Ctrl + W, poderá restaurar a janela pressionando Ctrl + Shift + T.
Eu não pude testar se isso também funciona se você fechar todas as janelas e tiver que iniciar o Chrome novamente