Antes de desligar seu sistema, tente executar isto para desligar manualmente o serviço mysql.
sudo service mysql stop
Como alternativa, escreva um script para automatizar o processo:
sudo service mysql stop
sudo shutdown -h now
Certifique-se de marcá-lo como executável. Supondo que você salvou como um arquivo chamado shutdown
, execute este comando:
chmod u+x shutdown
Agora você pode executar seu script.
./shutdown