As associações abertas com são armazenadas em HKEY_CLASSES_ROOT
.
Esta é uma seção de registro especial que combina as associações do usuário local em HKEY_CURRENT_USER\Software\Classes
com as associações do sistema em HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Classes
.
Aqui está uma foto do meu registro para a associação em PDF que você mencionou na sua pergunta: