Eu vou responder a pergunta que eu acho que você está significando para perguntar.
O que você quer fazer é que o Flash seja executado em segundo plano quando você perder o foco. Este é um grande problema com jogos ociosos baseados em Flash, e a seguir estão alguns trechos do Manual de Administração Flash da Adobe que devem fazer as coisas rodarem quando você não estiver focado.
mms.cfg file location Assuming a default Windows installation, Flash
Player looks for the mms.cfg file in the following system directories:
• 32-bit Windows - %WINDIR%\System32\Macromed\Flash
• 64-bit Windows - %WINDIR%\SysWow64\Macromed\Flash
O que você quer fazer é criar este arquivo mms.cfg (você precisará de acesso de administrador, natch) com as seguintes linhas:
ProtectedMode=0
FullFramerateWhenInvisible=true
Lembro-me de desabilitar o modo protegido sendo necessário, mesmo que seu objetivo declarado seja o sandbox de aplicativos Flash - por qualquer motivo, a outra opção não funcionava sem ele. YMMV, claro - tente sem desativar primeiro o modo protegido - já faz muito tempo desde que eu configurei isso nos meus computadores.
FullFramerateWhenInvisible é a opção que faz com que o Flash seja executado quando a janela não tem foco.
Mais uma vez, essa não é a pergunta específica que você fez, mas, se essa não for a resposta correta, ela vai, pelo menos, direcionar você para a direção certa. :)
Referência:
Guia do administrador: link
Dica de enquadramento: link (# 3 nessa página da Web, atualmente)