Certamente, ~/.config/autostart funciona se o comando funcionar "normalmente", mas você precisa estar ciente de dois possíveis afunilamentos:
-
O ativador em
~/.config/autostarté um arquivo.desktop. Para executar um comando complicado de um arquivo.desktop, use o comando:/bin/bash -c "setxkbmap -layout us -option ctrl:nocaps" -
Alguns comandos quebram quando são executados enquanto a área de trabalho ainda não está totalmente carregada. Nesse caso, você teria que adicionar uma pequena pausa, por exemplo:
/bin/bash -c "sleep 15&&setxkbmap -layout us -option ctrl:nocaps"