Os arquivos .msi podem ser executados com msiexec.exe, portanto, em combinação com o runas , você pode realizar o que deseja:
runas /user:administrator "msiexec /i <path and filename of your msi>"
Como um caminho completo para o arquivo é recomendado, ele pode precisar de aspas em torno dele e você precisa escapar delas com uma barra invertida \
:
runas /user:administrator "msiexec /i \"<path and filename of your msi>\""
^^ ^^