Tente remover o arquivo de C:\Users\<username>\AppData\Roaming\Notepad++\session.xml
, que reabre o arquivo quando você iniciar o programa.
Se isso não funcionar, talvez você deva tentar uma desinstalação / reinstalação completa, se ainda não o fez.
EDIT: Solução alternativa encontrada (graças ao sgmoore): Instale a versão independente do Notepad ++ ( notepad ++ portable ).