Para simplificar:
- Entre o FAT e o FAT32, basta escolher o FAT32.
- Entre o NTFS e o FAT32, se você usar a unidade somente no Windows, use o NTFS. Em qualquer outro caso, use FAT32.
Por que o NTFS para Windows?
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O NTFS (Sistema de Arquivos de Novas Tecnologias) foi introduzido pelo Windows e tem sido suportado desde as primeiras versões do Windows. Então, isso se tornou uma espécie de coisa do Windows.
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É o sistema de arquivos nativo do Windows NT, Windows 2000 e Windows XP.
- Permite a indexação que melhora a pesquisa de arquivos (principalmente, mais rápido); causa um ligeiro impacto no desempenho (pode desligar).
- Tem segurança melhor - como criptografia baseada em arquivos (não suportada pelo Windows XP Home Edition) e regras de acesso por usuário (você pode impedir que sua esposa veja a pasta pornográfica!)
- Suporta cotas de usuários (evita que os tykes baixem muitos arquivos MP3)
- Possui compactação por arquivo.
- Registra-se no diário, diminuindo a perda de dados (o ScanDisk no início é desnecessário).
- Usa nomes de arquivo Unicode (permite caracteres externos e estendidos) e suporta nativamente nomes extensos de arquivos.
- Suporta arquivos maiores que FAT (maior que 4 GB).
- Permite tamanhos de volume maiores (maiores que 1 TB). Fala-se sobre um limite teórico de 16 exabytes e até 2 terabytes.
- Formato suportado em discos dinâmicos (sem discos dinâmicos no Windows XP Home).
- Funciona bem com cache grande (sistemas com mais de 96 MB).
- Executa melhor em volumes ~ 20 GB ou mais.
- É mais eficiente em termos de espaço em grandes volumes (mais de 8 GB).
- Resistente à fragmentação.
Por que o FAT32 para Linux?
- O FAT32 funciona bem em quase todos os lugares. [FAT32 nem é o sistema de arquivos padrão no Linux (em oposição ao NTFS e Windows)]