Acho que parte da pergunta é: por que você quer eliminar arquivos .AppleDouble?
Arquivos .AppleDouble são criados para armazenar recursos de arquivos adicionais (metadados, etc.). Os sistemas de arquivos HFS + (criados pela Apple) possuem meios nativos para endereçar o armazenamento dessas informações. Sistemas de arquivos não-HFS + (NTFS, EXT3 / 4, etc.) servidos por meio de compartilhamento de arquivos (Netatalk, SMB, etc.) exigem alguma maneira de armazenar essas informações. Isto é conseguido através da criação de arquivos adicionais no sistema de arquivos, uma vez que o sistema de arquivos não possui meios nativos para armazenar as informações.
Ao contrário dos arquivos .DS_Store (que, como eu entendo, armazenam detalhes da área de trabalho, como localização do ícone, etc.), os arquivos .AppleDouble realmente armazenam informações potencialmente relevantes. Isso significa que você provavelmente pode excluir os arquivos .AppleDouble e o sistema operacional não se queixará, mas você pode perder metadados se algum deles estiver associado ao arquivo. Isso também inclui metadados criados por / para o Spotlight, como quando o iTunes reproduz um arquivo. É improvável que a exclusão dessas informações prejudique em nada, mas está sendo criada / armazenada para você, para que o sistema operacional possa otimizar a pesquisa e outros termos.
Então, minha conclusão é que você provavelmente não quer realmente excluir .AppleDouble. Mas talvez os detalhes possam ser preenchidos? Cheguei neste tópico tentando ajudar meu pai com dois ReadyNAS; ele queria eliminar os arquivos porque sua existência era inexplicável e causava um comportamento estranho com o programa de backup ReadyNAS (que parece ser resolvido usando o rsync). Por favor, deixe-me saber se há mais detalhes não abordados nas minhas conclusões aqui.