Como usuário do Gentoo, posso dizer com certeza: depende .
- Se você desativar algumas opções pesadas, seu aplicativo funcionará mais rápido.
- Se você ativar algumas otimizações arriscadas e elas funcionarem - seu aplicativo funcionará mais rápido.
- Se você usar os padrões de upstream, seu aplicativo funcionará mais lentamente.
- Se você configurar incorretamente alguma coisa, o aplicativo ficará lento e instável.
Geralmente, não há nenhuma melhoria perceptível que possa ser obtida pela simples recompilação do aplicativo. A única diferença são aplicações pesadas ligadas à CPU, como codificadores de vídeo. Eles funcionam um pouco melhor com cada nova tecnologia de CPU e cada novo compilador.