Eu tenho o mesmo problema com alguns sites de internet banking. Eu tenho algumas soluções que uso:
Primeiro, tente marcar o pop-up como favorito. Para o banco ANZ , por exemplo, se você clicar em "fazer logon no Internet Banking", receberá um pop-up de link que é o formulário de logon. Você pode marcar isso e sempre começar aqui em vez de na página principal.
Segundo, se isso não funcionar, por exemplo, indo diretamente para o logon do NAB no link apenas lhe dá uma página em branco, você pode começar na página principal (nab.com.au), clicar no link para obter o pop-up e arrastar a guia resultante de volta para a janela principal do FF. Se você não puder ver a faixa de tabulação para chegar na guia, poderá fazê-la aparecer pressionando Ctrl + T para abrir uma nova guia.
Finalmente, você pode recorrer a um navegador diferente. O IE 8 respeita minha configuração "sempre abrir pop-ups em uma nova aba". O Opera também, mas a última versão (10.51) é um pouco bugs - eu esperaria pela versão 10.52.