Você não deve desfragmentar mídia flash.
Primeiro, não há benefício. Desfragmentar um disco rígido magnético tradicional é benéfico, pois o braço do atuador deve mover as cabeças ao redor do prato para encontrar os dados. A desfragmentação ordena os dados no disco rígido, e o braço do atuador tem que procurar (mover-se) menos. No entanto, a mídia flash não tem partes móveis, portanto, praticamente não tem tempo de busca.
A mídia flash se desgasta. Demora muito tempo, com muitas gravações no mesmo local repetidamente. Unidades flash modernas têm uma tecnologia chamada TRIM que minimiza as gravações no mesmo local, distribuindo-as por toda a unidade. O TRIM basicamente faz exatamente o oposto do que você está tentando fazer - fragmenta os dados.
Além disso, a maioria dos sistemas operacionais não permite que você desfragmente a mídia flash (pelos motivos mencionados acima). Pode haver algumas ferramentas de terceiros que ignorem a restrição, mas não é uma boa ideia.