É um arquivo esparso . ls está relatando o tamanho alocado; du está relatando a quantidade de espaço realmente usada.
À medida que seu cliente torrent faz downloads, ele preenche as lacunas e o tamanho du -reportado aumentará para corresponder a ls dos relatórios.
Para forçar du e df a incluir sparces, a partir da man du , a segunda opção listada é --apparent-size :
du -s -B1 --apparent-size