Como a única outra resposta realmente não "conserta" o problema, apenas o reconhece, acho que vale a pena dizer que tive esse mesmo problema e descobri o problema.
O problema para mim era os links simbólicos relativos x absolutos . Eu uso o Link Shell Extension .
Ao criar links simbólicos absolutos , o Explorer funciona bem. Ao criar links relativos , o Explorer engasga com eles.
Eu só posso imaginar que isso é de alguma forma relacionado a como o Explorer calcula o diretório de trabalho? Talvez alguns problemas de slash?
(Note que no Win7 x64, pelo menos, você pode ter que abrir o LSEConfig.exe depois de instalar a extensão, e alternar Absolute e Relative para fazer links relativos, já que a configuração padrão é um tanto imprevisível , às vezes relativo, às vezes absoluto.)