Sou o autor de Net :: DBus :: Skype e skype-action-handler . Essa foi uma ferramenta para interface com o DBUS para enviar comandos para o Skype através da API DBUS. O skype-action-handler faz exatamente o que o Skype 4 fará através do argumento --call
skype --call "skype: echo123"
skype-action-handler skype: echo123
Só que acho que lidei com o formato da URL, o que não acho que seja --call . Eu fiz esta biblioteca e utilitário porque em 2008 o Skype para Linux não era tão polido. Originalmente, acredito que só usei o OSS.