Seu objetivo é descompactá-lo no servidor externo ou você deseja transferir o conteúdo do arquivo para seu próprio computador ?
O primeiro caso não é resolvido pelo FTP, mas pelo SSH ou por técnicas semelhantes, como descrito em outras respostas.
Se você deseja apenas obter o conteúdo descompactado "diretamente" para seu próprio computador sem antes transferir os arquivos explicitamente e, em seguida, descompactar, você pode, por exemplo, Monte o site FTP como uma pasta e descompacte-o como um arquivo zip normal em um local no computador local. Isso irá na prática transmitir o conteúdo do arquivo diretamente para o programa descompactar, então você tecnicamente faz transferir todo o arquivo, mas apenas em seu estado zipado (presumivelmente economizando tráfego) e conteúdo aparecerá diretamente em seu computador local sem a etapa intermediária explícita.
Eu não sei como o formato do arquivo zip é especificado sobre apenas descompactar uma parte de um arquivo zip; se você precisar transferir o arquivo inteiro ou apenas a parte compactada correspondente a esse arquivo. Eu não vejo nenhuma razão técnica real de por que não seria possível fazer esse tipo de transferência seletiva (o protocolo FTP permite somente a transferência de arquivos parciais para permitir a retomada).