Eu entendo que links simbólicos NTFS substituem Junções em sistemas operacionais Windows mais recentes (Vista / 7/8), pois funcionam da mesma maneira, mas também fornecem funcionalidade adicional (pontos remotos). Assim, desde que você esteja trabalhando apenas com sistemas operacionais mais recentes, não há razão para não usar a opção de link simbólico.