O terminal Gnome não tem uma opção para desativar a ocultação do cursor do mouse. Mover o mouse às vezes o mostrará (não sabe qual é o critério) e às vezes não. Muitas vezes você tem que (como você já notou) realmente clicar na janela para mostrá-la. O problema é que, se você tem várias janelas de terminal e vários monitores, com o cursor oculto, não tem idéia de onde está clicando.
A resolução é alterar o terminal padrão para um emulador diferente, como xfece4-terminal
ou como mencionado no comentário roxterm
.
Você também terá que alterar o emulador de terminal padrão para exibir sua nova configuração por padrão com:
$ gsettings set org.gnome.desktop.default-applications.terminal exec 'xfce4-terminal'
(Altere o terminal xface4 no comando para o seu emulador alternativo.)