No FileZilla, vá para editar > configurações ...
Na coluna da esquerda, desça até "edição de arquivo" ...
Selecione-o e, na coluna da direita, selecione "use editor personalizado" e, em seguida, navegue até o arquivo .exe na sua composição para o Notepad ++.
Espero que ajude. :)
[Nota adicional: se você está tendo o mesmo problema que @ theking2 tem no comentário abaixo, lembre-se de que o FileZilla também importa as associações de tipo de arquivo do seu sistema. Isso pode causar conflitos com suas associações personalizadas. Você pode desativar as associações do sistema em editar > configurações > edição de arquivos > Associações de tipo de arquivo: procure a caixa de seleção. Não se esqueça de que você fez isso - pode causar outros problemas no futuro.]