Eu achei isso procurando a solução para o mesmo problema (isso ainda está acontecendo no Xubuntu 16.04, então a atualização para uma versão suportada não resolve este problema). Eu não sei como evitar isso, mas posso recuperar o cursor do mouse sem reiniciar. Abra o gerenciador de exibição (Super + P) e faça as alterações desejadas (altere a resolução da tela e altere-a novamente. Isso traz o ponteiro de volta sempre que uma alteração como essa é feita. Eu levei isso um passo adiante: você pode usar o xrandr para isso e mapear isso para um atalho de teclado.Para o meu laptop acabei configurando Ctrl + Alt + seta para a esquerda para executar
xrandr --output LVDS1 --rotate left
e, em seguida, Ctrl + Alt + Down é executado
xrandr --output LVDS1 --rotate normal
para que eu possa girar rapidamente para a esquerda e voltar ao normal e trazer o cursor de volta com muita facilidade. Ainda irritante, mas facilmente superado.