Problema inicial: instalação do QGIFer
O QGIFer não pode ser instalado no 16.04, já que requer pacotes que não são co-instaláveis. As dependências não podem ser resolvidas em nenhuma versão do Ubuntu após 14.04 (Trusty). Isso inclui a instalação da fonte.
Eu testei a instalação .deb, uma compilação da fonte. As dependências não estão disponíveis no 16.04.
Não há método para contornar isso.
O desenvolvimento do QGIFer foi encerrado em 2013, e então o 14.04 foi o lançamento predominante do LTS.
Potencialmente, você pode instalar o 14.04 em uma máquina virtual e trabalhar dessa maneira. 14.04 ainda é oficialmente apoiado pela Canonical no momento em que este artigo foi escrito.
Pode ser possível instalar a versão para Windows do QGIFer no Wine, mas acho que isso está fora do escopo desta questão e pode exigir uma pergunta sua.
Software alternativo
Existem muitas opções, mas não existem outras aplicações conhecidas que façam exatamente o que o QGIFer fez. Aqui está uma lista não abrangente de aplicativos encontrados com uma pesquisa superficial:
Uma ferramenta on-line, que permite enviar um vídeo e editá-lo; adicionar títulos; adicione sobreposições, etc.
Outra ferramenta online, que é mais simples. Carregue o vídeo, reproduza um GIF.
Assim como o EZGIF: faça upload de um vídeo, receba um GIF.
Não é capaz de importar vídeo por conta própria, mas é capaz de gerar imagens GIF animadas. Há um breve tutorial aqui