O Ubuntu e o Windows não afetam um ao outro, por isso, se você tiver problemas como esse ao mesmo tempo em ambos, é muito provável que ocorra um problema de hardware. Eu testaria seu disco por erros. Você pode fazer isso no Palimpsest no Ubuntu. Na coluna mais à direita na parte superior, você verá um botão para executar os testes SMART.
Outra causa comum de sintomas como esse, é o superaquecimento, que pode ser causado por um ventilador empoeirado, por exemplo.