O caminho para "mixagem" de estéreo para mono em qualquer arquivo suportado no ffmpeg é o seguinte:
ffmpeg -i file.ext -ac 1 file_mono.ext
O bit "-ac 1" instrui o ffmpeg a produzir apenas 1 canal de áudio, isto é, mono. Por padrão, esta operação preservará seu formato de arquivo, mas irá reverter sua taxa de bits para o padrão ffmpeg de 64kbs. Se você quer uma taxa de bits maior, você pode fazer:
ffmpeg -i file.ext -ac 1 -ab 192k file_mono.ext
... substituindo 192k pela sua taxa de bits preferida.
Observe que sua instalação do ffmpeg deve suportar seu codec GSM específico para que isso funcione corretamente. Eu sei que algum áudio codificado GSM é suportado no ffmpeg através da libgsm, mas eu nunca lidei com arquivos GSM. Eu converti com sucesso outros tipos de arquivos (MP3) para mono sem problemas.