Isso pode ser feito usando o Adblock Plus no Firefox ou no Chrome. Primeiro instale o Adblock Plus. Em seguida, vá para as opções do Adblock Plus (Filtro de preferências no Firefox) e crie um filtro personalizado. Em seguida, copie cada uma dessas linhas separadamente na lista de filtros:
/yts/swfbin/player-*/endscreen.swf
youtube.com##div.videowall-endscreen
youtube.com##div.watch-sidebar
youtube.com##watch-related
Isso bloqueará as miniaturas de vídeo exibidas na barra lateral e no final do vídeo. Deve funcionar tanto para o html5 quanto para os players do youtube no Firefox. No Chrome para que isso funcionasse corretamente, eu precisava ativar o player html5 do youtube. Visite o link para ativar o uso do player html5.
Para bloquear os links dentro de vídeos (anotações), vá para a página de configurações do youtube. Em seguida, vá para a guia "Reprodução" e desative a caixa de seleção "Exibir anotações em vídeos".
Se você não quiser bloquear anúncios, desative todas as listas de anúncios no Adblock Plus.