Minha versão atual tem uma entrada de menu "Mesclar registros de livros". Basta selecionar todas as entradas pertencentes ao mesmo livro, clicar com o botão direito do mouse e encontrar "Mesclar registros do livro" em "Editar metadados".
O primeiro livro clicado será o principal, cujos metadados serão selecionados em caso de conflitos.
O caminho manual seria:
- Exclua todas, exceto uma das entradas duplicadas (NÃO os arquivos!)
- Abra o editor de metadados para a entrada restante (clique com o botão direito do mouse, Editar metadados individualmente)
- Clique no livro vermelho com o sinal de mais no canto superior direito para adicionar os arquivos do outro formato
- Clique em OK quando terminar.