Se você usar um dos muitos hacks de registro disponíveis na Internet para desabilitar a organização automática (ou torná-lo selecionável), quando estiver na visualização detalhada, clique e arraste um arquivo para uma posição diferente (arbitrário, qualquer arquivo)
Desmarcará todas as "opções de ordenação", os botões de ordenação na parte superior do painel do Explorer ficarão esmaecidos e as mesmas funções no shell do mouse direito serão desmarcadas.
Agora, quando você renomeia um arquivo, ele não recorre ou pula, ele fica onde está. Mesmo se você pressionar F5 ou atualizar, ele não irá reorganizar a exibição da pasta. Quando estiver pronto, basta clicar no botão "nome" ou "data de modificação", o que você quiser classificá-lo.