A diferença entre o Cat5e e o Cat6 está no isolamento e na qualidade do cabo, por isso, se você seguir o mesmo guia de fiação, ele sempre funcionará no seu ambiente. Cabos de categoria podem ser propostos para muitas coisas diferentes, não apenas para redes. Os elementos definidores estão na forma como são feitos e na qualidade do isolamento, não nos padrões de fiação que você usa.
Na verdade, eu realmente recomendo que você use apenas Cat6 daqui para frente. A diferença de preço é marginal, a qualidade do sinal é melhor e, se você usá-lo com redes gigabit, verá taxas de transferência mais consistentes e mais altas. Eu corro um evento em larga escala da LAN party e nós SOMENTE usamos Cat6, pois temos uma rede 100% gigabit. A diferença de custo é ridícula e, como reutilizamos o cabeamento, vale a pena.
EDITAR : O cabo Cat5 pode realmente usar mais de 4 pares trançados de fios, eu suponho que o Cat6 é o mesmo. Minha alegação anterior de que a contagem de fiação é estática é imprecisa, no entanto, a maioria dos fios que você pode comprar é de apenas 4 pares de fios trançados.