O método mais simples é usar iptables-save e iptables-restore para salve as regras iptables atualmente definidas em um arquivo e (re) carregue-as (por exemplo, após a reinicialização).
Então, por exemplo, você executaria
sudo iptables-save | sudo tee /etc/iptables.conf
para salvar suas regras atuais do iptables em /etc/iptables.conf
e depois inserir essas linhas em /etc/rc.local
:
# Load iptables rules from this file
iptables-restore < /etc/iptables.conf