Encontrado: O Command-T recomenda usar o seguinte snippet:
if has("gui_macvim")
macmenu &File.New\ Tab key=<nop>
map <D-t> :CommandT<CR>
endif
Então, basicamente, você desmapea o respectivo item de menu e fica livre para mapear o atalho que estava tentando mapear. (Não tenho certeza do que o ampersand está fazendo; funciona com e sem ele.)
Este deve ser colocado em ~ / .gvimrc, não ~ / .vimrc! (Aparentemente ~ / .vimrc é lido muito cedo, então os mapeamentos (un) serão corrompidos se você os colocar lá.)