Visualmente falando, as portas USB 3 normalmente são azuis, para que você possa diferenciá-las facilmente. Eles também têm 2 pinos extras.
É impossível diferenciar as versões 1.0, 1.1 e 2.0 umas das outras visualmente. No entanto, um computador teria que ser bem antigo para ter portas da versão 1 ou 1.1. Acredito que qualquer coisa em um Pentium 4 ou posterior seria v2 e superior.
Veja a imagem a seguir para ver a diferença entre a versão 3 e o que é mais provável 2.
Além disso, as portas amarelas geralmente designam portas ativadas, que podem estar sempre ativadas para carregar seus dispositivos.