As notas são armazenadas como HTML em um formato binário aparentemente não padrão em ~/Library/Containers/com.apple.Notes/Data/Library/Notes/NotesV1.storedata-wal .
Você pode grep para conteúdo de anotações conhecido na linha de comando ou imprimir todas as notas (armazenadas como HTML):
cat ~/Library/Containers/com.apple.Notes/Data/Library/Notes/NotesV1.storedata-wal | grep -aio '<html>.*</html>'
Enquanto escrevia esta resposta, também tive o problema, uma vez que o Notes reiniciou com a redefinição de dados. No próximo lançamento, tudo estava lá novamente, apesar de eu ter criado novas anotações após a redefinição (para que as anotações antigas e novas existissem no terceiro lançamento). Talvez apenas tente sair e iniciar o Notes de novo?